Borgaskóli var stofnaður árið 1999. Skólinn var svo sameinaður Engjaskóla árið 2012 og til varð Vættaskóli-Engi og Vættaskóli-Borgir. Árið 2020 var Borgaskóli stofnaður og byggir starf hans á grunni Kelduskóla og Vættaskóla, sem nemendur, starfsfólk og foreldrar þessara beggja skóla mynda saman eitt skólasamfélag.